Actualmente hay dos formas principales de biocombustibles: Etanol – el biocombustible más ampliamente difundido hecho a través de fermentación básica de plantas con almidón o azúcar; y FAME (Fatty Acid Methyl Esters = Ésteres metilos grasos ácidos) que convierte aceite vegetal en un combustible tipo diesel por medio de un proceso llamado transesterificación.
La primera generación de estos biocombustibles ha dependido ampliamente de las cosechas de alimentos tales como el trigo o la caña de azúcar como su fuente. El desafío que Shell está enfrentando ahora es desarrollar la segunda generación, buscando una fuente de material que no compita con las cosechas de alimentos, un proceso de conversión que produzca poco CO2 y un combustible de alto rendimiento. También debe ser económico.

Actualmente el biocombustible más difundido, el etanol, es comúnmente hecho de plantas con almidón o azúcar.
Celulosa, las moléculas resistentes que constituyen las células de la corteza de las plantas, se pueden hallar en distintas formas que incluyen la paja. Sin embargo, para descomponer las resistentes nuevas enzimas de la celulosa es necesario que actúe un catalizador biológico y la separe del resto de la planta para producir etanol. Shell está trabajando con la firma Canadiense Iogen y Codexis en los EUA para obtener esta solución.
En el futuro, las algas también pueden proveer una fuerte sustentable de aceite vegetal para la producción de biocombustibles para motores diesel. En 2007, Shell anunció planes para construir un establecimiento piloto en Hawai en sociedad con HP Biopetroleum para investigar el potencial. Es temprano aún pero las algas prometen ya que éstas crecen rápidamente, y pueden ser cultivadas en estanques de agua de mar, minimizando el uso de tierra fértil y agua fresca.